南京高考之所以被认为较难，主要有以下几个原因：

计分制度复杂 ：南京的高考总分是480分，还包括小高考成绩和计算机测试成绩。如果计算机测试不达标，学生将不能参加高考。此外，数学试卷没有选择题，学生无法通过蒙题来得分。

教育模式差异 ：南京尝试实施素质教育，而全国大部分地区仍然是应试教育。在应试教育的背景下，南京的素质教育可能无法带来文化成绩上的优势。

学习时间分配 ：素质教育可能导致学生在文化课程上的学习时间减少，而将更多时间用于培养兴趣爱好，这在短期内可能不会对高考成绩产生积极影响。

学生路径选择 ：南京外国语学校（南外）等学校的学生可能更倾向于出国或保送，而非参加国内高考，这导致高考学生基数减少，可能影响南京的高考成绩表现。

竞争环境 ：大城市家庭对教育的重视程度高，可能导致竞争提前化，南京的学生在早期可能就面临较大压力，而苏北等地区可能在统一中考中表现更佳。

制度限制 ：南京的教育制度可能限制了中学的训练，例如，周末放假多，集体补课受限，而苏北等地区可能没有这些限制，从而影响了学生的备考效果。

试卷难度 ：江苏的考题一直都是被认为是很难的，很多考生都无法做完试卷。当大家上到大学之后，江苏的考生会发现其他省份的同学做题都有点差距。

升学难 ：从初中升高中淘汰率较高，毕竟江苏人口较多，50%的升高中率。上高中后发现自己初中实力还不错，到了高中成为垫底。一本率、211率、985率都不是太高，即使是那么多优质高校都在江苏，但都还要百里挑一。

中学资源有限 ：苏南要比较好一点，苏北每个县只有一所四星级高中，学生上不了，就只能靠自己学习了。

综合素质与高考成绩 ：尽管南京学生在综合素质上可能表现优秀，但在以高考成绩为唯一衡量标准的情况下，这种优势可能无法体现。

政绩考量 ：部分南京人可能不愿承认素质教育存在的问题，因为这可能影响他们的政绩评价，并损害相关集团的利益。

其他因素 ：如学生个人状态（如发挥失常、健康问题）、家庭背景（如家庭经济条件）等也可能影响高考成绩。

综上所述，南京高考的难度主要源于计分制度复杂、教育模式差异、学习时间分配、学生路径选择、竞争环境、制度限制、试卷难度、升学难、中学资源有限、综合素质与高考成绩、政绩考量以及其他个人和家庭因素等多方面因素。这些因素共同作用，使得南京高考成为一项极具挑战性的考试。