王恩哥离开北大主要有以下原因：

对中国科研体制的不满 ：有观点认为，王恩哥离开北大是因为对中国科研体制的不满，认为中国的科研环境和机制不够自由和开放，限制了科学研究的发展。

得到更好的发展机会和研究条件 ：另一种说法是，王恩哥离开北大是因为得到了更好的发展机会和更好的研究条件。斯坦福大学作为全球著名的高水平研究机构，能够提供更好的研究资源和支持。

任职中国科学院 ：在离任致辞中，王恩哥提到自己的学术轨迹是“北大—科学院（物理所）—北大—科学院”，并透露了日后回母校北大教书的心愿。实际上，他后来确实调任中国科学院工作。

北大内部调整 ：也有观点认为，王恩哥的离开与北大内部的调整有关。他上任校长不满两年，调整可能是由于北大方正等出事的原因。

综合以上原因，可以看出王恩哥离开北大是一个复杂的决定，涉及个人职业发展和对科研环境的考量。不过，无论何种原因，王恩哥在物理学领域的研究并未中断，并在斯坦福大学取得了重要成果，成为了该领域的杰出人物。同时，他多次表示希望未来能回到母校北大做科研和教书。