截至2021年12月，滨州医学院设有以下系：

基础医学院

临床医学系

医学二系（残疾人医学系）

口腔医学院

护理学院

医学人文科学系

全科医学系

医学信息系

特殊教育学院

马克思主义学院

药学院（葡萄酒学院）

中西医结合学院

公共卫生与管理学院

外国语与国际交流学院

医学影像学院

康复医学院

老年医学院

这些系涵盖了从基础医学到临床医学、从护理学到医学人文科学等多个领域，体现了滨州医学院作为一所综合性医学院校的专业设置特点。