南京海关的专业设置主要集中在食品科学与工程、质量监测与安全、动物科学、动物医学、动物免疫学等专业，这些专业因农业专业为王牌的院校在海关录取中具有一定优势。此外，南京海关地理位置不错，福利待遇好，吸引了许多江浙沪地区的顶尖学子报考。

然而，也有观点认为海关管理专业的性价比不高，就业面较窄，且需要参加国考，硕士与本科的工资待遇差别不大。

综合来看，南京海关的专业设置较为专业且针对性强，如果希望在农业相关领域内发展，南京海关是一个不错的选择。但需要注意的是，就业面相对较窄，且需要参加国考，这些因素也需要考虑在内。