在土木工程系中，以下几个专业被认为是最好的专业：

桥梁与隧道工程：

此专业是土木工程的二级学科，集设计、施工与工程管理为一体，具有极强的实践性。它旨在培养与工程建设领域相关的各种高级技术与管理人才。由于交通建设在国家经济发展中的重要作用，桥梁与隧道工程专业的就业前景非常广阔，尤其是在公路、铁路和城市交通建设中。

市政工程：

该专业主要涉及城市道路、桥梁、给排水、环境卫生、城市防洪等公共事业工程。由于设计范围广泛，市政工程的就业方向较多，很多名校毕业的学生就业前景非常出色。

岩土工程：

岩土工程专业涉及水、土、岩石等部分，与土木工程密切相关。该专业的就业方向主要是铁路、建筑、水电、市政、国防、公路等行业，从事岩土工程领域的施工、规划、设计、管理、监理等方面的工作。

铁道工程：

铁道工程专业也是土木工程的一个重要分支，主要研究铁路工程设施的勘测、设计、建造、保养、维修等方面的基本知识和技术。

道路工程：

道路工程专业涉及道路的规划、设计、建设和维护，是土木工程中的重要组成部分。随着城市交通需求的增长，道路工程专业的就业前景也较为乐观。

综上所述， 桥梁与隧道工程、 市政工程、 岩土工程、 铁道工程和 道路工程是土木工程系中最好的专业，具有较好的就业前景和发展空间。建议学生在选择专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划，综合考虑这些专业的特点和发展趋势。