重庆高考志愿可以填报96个。具体设置如下：

本科提前批B段：

包括国家专项、农村订单定向医学生、公费师范生（含优师专项、全科教师）、部分艺术体育专业、全国重点马克思主义学院的马克思主义理论专业以及其他经教育部批准的特殊高校（专业）等其他本科招生专业及计划，设置60个专业平行志愿。

本科批：

除本科提前批及有关特殊类型以外的其他本科招生专业及计划（含地方专项、少数民族预科班、民族班、定向招生等），设置96个专业平行志愿。

高职专科提前批：

包括定向培养士官招生等有面试体检（体测）等特殊要求、航海类等艰苦专业及其他按规定可安排在提前批次录取的专科招生专业及计划，设置2个院校顺序志愿。

高职专科批：

设置96个专业平行志愿。

因此，无论是本科批还是专科批，重庆高考志愿均可以填报96个专业。建议考生在填报志愿时，合理分配志愿数量，确保既有冲刺目标也有保底选择。