新疆高考志愿的个数设置如下：

本科提前批次

最多可填报4个学校，每个学校最多可填6个专业。

本科一批次

最多可填报9个平行志愿，每个志愿可填报6个专业，总共最多可填报9个学校54个专业。

本科二批次

最多可填报18个平行志愿，每个志愿可填报6个专业，总共最多可填报18个学校108个专业。

高职（专科）提前批次

最多可填报2个学校，每个学校最多可填6个专业。

高职（专科）批次

最多可填报9个平行志愿，每个志愿可填报6个专业，总共最多可填报9个学校54个专业。

综合以上信息， 新疆高考志愿的总个数为96个。具体填报数量可能会因年份和政策调整而有所不同，建议考生在填报志愿前，仔细查阅当年的《新疆高考志愿填报指南》或官方发布的最新信息。