南京工程学院的王牌专业包括：

机械设计制造及其自动化

电气工程及其自动化

自动化

能源与动力工程

材料科学与工程

电子信息工程

市场营销

信息管理与信息系统

材料成型及控制工程

计算机科学与技术

软件工程

通信工程

热能与动力工程

智能电网信息工程

环境工程

车辆工程

过程装备与控制工程

焊接技术与工程

测控技术与仪器

网络工程

这些专业中，电气工程及其自动化专业是国家级特色专业、教育部卓越工程师教育培养计划专业，也是江苏省品牌专业之一，录取分数在江苏省内名列前茅。此外，机械设计制造及其自动化、自动化、能源与动力工程、材料科学与工程、电子信息工程、市场营销、信息管理与信息系统、材料成型及控制工程、计算机科学与技术、软件工程、通信工程、热能与动力工程、智能电网信息工程、环境工程、车辆工程、过程装备与控制工程、焊接技术与工程、测控技术与仪器、网络工程等专业也都是南京工程学院的强项，具有较高的教学水平和行业认可度。