南京航空航天大学自动化学院在全国的排名情况如下：

1.  2024年软科中国大学排名中，南航位列第36位，自动化专业作为学校的优势学科，在业内享有较高的声誉。

2.  2024年校友会中国大学专业排名中，南京航空航天大学的自动化专业在全国排名第11位，被评为A+级，属于世界高水平、中国顶尖专业。

综合以上信息，可以得出结论，南京航空航天大学自动化学院在全国的排名大约为第11位，是国家级重点学科，并且拥有很高的声誉。