民国时期北京的大学数量至少包括以下几所：

1. 北京大学

2. 清华大学

3. 燕京大学

4. 辅仁大学

5. 北京师范大学

6. 中国大学

7. 朝阳学院

8. 协和医学院

9. 北平艺术专修学校

10. 北平体育专科学校

11. 国立交通大学北平分校（后更名为铁道管理学院）

此外，可能还有其他一些大学，但以上列出的是较为知名和重要的大学。因此， 民国时期北京至少有13所大学。