是的，重庆高考本科志愿有96个专业。在“专业类+学校”的志愿填报模式下，每个专业被视为一个独立的志愿，因此理论上最多可以填报96个学校的专业。这种设置旨在为学生提供更多的专业选择和学校选择的机会，以满足不同学生的兴趣和职业规划。

具体来说，重庆高考本科批志愿设置中，除了本科提前批及有关特殊类型以外的其他本科招生专业及计划（包括地方专项、少数民族预科班、民族班、定向招生等），均设置有96个专业平行志愿。同样地，高职专科批志愿设置也采用了这种模式，除高职专科提前批以外的其他专科招生专业及计划，也设置了96个专业平行志愿。

这种志愿填报方式有助于学生更细致地规划自己的学业和职业道路，同时也增加了录取的灵活性和多样性。学生在填报志愿时，可以根据自己的兴趣和成绩，选择最适合自己的专业和学校组合。