西南医科大学批准设立的研究院包括：

代谢性疾病研究所

脑科学研究所

核医学研究所

中西医结合研究所

口腔医学研究所

国家健康医疗大数据研究院西南医科大学协作中心

因此，西南医科大学至少有5个研究院。