北京工商大学最好的专业包括 应用经济学、食品科学与工程和工商管理，这三个学科也都属于北京市高精尖学科。在第五轮学科评估中，食品科学与工程获得了A-，在双非院校中表现出色，校长孙宝国院士也是该专业出身。此外，会计学、物流管理、金融学等专业也是北京工商大学的王牌专业，全国知名。

建议根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业。例如，如果对经济学和工商管理感兴趣，那么应用经济学和工商管理是很好的选择。如果对食品科学和物流感兴趣，那么食品科学与工程和物流管理则是值得考虑的专业。