复旦大学在其发展历程中，经历了多次合并，涉及的高校包括：

浙江大学

交通大学

同济大学

大同大学

沪江大学

震旦大学

圣约翰大学

南京大学

金陵大学

安徽大学

暨南大学

英士大学

光华大学

上海学院

山东大学水产系（后并入中国海洋大学）

华东师范大学教育系（后并入华东师范大学）

交通大学土木系（后并入同济大学）

上海医科大学（2000年合并）

这些合并和整合大大提升了复旦大学的实力，对复旦的发展起到了重要推动作用。