肥东县拥有的高等教育机构包括：

1. 安徽农业大学肥东校区

2. 安徽水利水电职业技术学院

3. 安徽工商职业学院肥东校区

4. 安徽机电职业技术学院

5. 肥东卫生职业学院

6. 安徽财经大学肥东校区

7. 安徽医科大学肥东校区

8. 安徽医学高等专科学校肥东分校

9. 安徽卫生职业学院（位于池州市，但提及肥东可能有校区或未来计划）

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