在伪满洲国时期，设立的高等教育机构包括以下几所：

伪满洲建国大学：

成立于1937年2月，1938年5月落成，是伪满洲国的最高学府，培养伪满洲国的领导者。

新京医学校：

成立于1936年，后升格为新京医科大学，是当时最大的医学校。

大同学院：

成立于1932年，主要培养伪满管理的官员，也被称为伪满最高学府。

满洲国中央陆军训练学校：

1933年4月于沈阳市设立，后迁至长春市，主要培养满洲国军高级军官。

满洲国中央陆军军官学校：

1939年3月于长春市设立，仿效日本陆军士官学校教程。

满洲国兴安军官学校：

1934年7月于四平市设立，后迁至乌兰浩特市，主要培养蒙古族军官。

满洲国军用通信养成部：

1933年7月于沈阳市设立，后迁至吉林市，主要培养满洲国军通信方面人才。

满洲国军医学校：

1935年4月于哈尔滨市设立，负责培养满洲国军军医军官。

新京法政大学：

成立于1939年1月，主要培养司法人才。

综上所述，伪满洲国时期设立的高等教育机构至少有九所。