截至2024年，南通市共有 9所大学。这9所大学包括：

1. 南通大学

2. 南通理工学院

3. 南通大学杏林学院

4. 江苏工程职业技术学院

5. 南通职业大学

6. 南通科技职业学院

7. 江苏航运职业技术学院

8. 江苏商贸职业学院

9. 南通师范高等专科学校

其中，本科院校有3所，分别是南通大学、南通理工学院和南通大学杏林学院；专科学校有6所，分别是江苏工程职业技术学院、南通职业大学、南通科技职业学院、江苏航运职业技术学院、江苏商贸职业学院和南通师范高等专科学校。