莆田学院的招牌专业包括 数学与应用数学、 体育教育、 汉语言文学、 新闻学、 生物技术、 机械设计制造及其自动化、 测控技术与仪器、 计算机科学与技术、 土木工程、 环境工程、 临床医学、 护理学、 工程管理、 市场营销和 旅游管理等。这些专业中，数学与应用数学既是国家级一流本科专业，也是省级一流本科专业，因此可以被认为是莆田学院的王牌专业。此外，从分数线的角度看，临床医学、软件工程、机器人工程、物联网工程、数据科学与大数据技术、智能科学与技术、公共事业管理等专业也属于莆田学院在高考生心中认可度最高的专业。