河海大学拥有多个部门和院系，包括但不限于以下几类：

直属部门

产业技术研究院（简称“产业院”）

下设办公室、技术开发部和产业拓展部

学院和系所

水文水资源学院

水利水电学院

港口海岸与近海工程学院

土木与交通学院

环境学院

能源与电气学院

信息学部（计算机与信息学院）

力学与材料学院

地球科学与工程学院

农业科学与工程学院

海洋学院

理学院

商学院

公共管理学院

法学院

马克思主义学院

外国语学院

体育系

机电工程学院

信息学部（物联网工程学院）

其他机构

技术转移中心（国家技术转移示范机构）

河海里尔学院（中外合作办学机构）

大禹学院（拔尖人才培养学院）

远程与继续教育学院

国际教育学院

以上信息综合了不同时间点的数据，具体院系设置可能会有变动，请以河海大学官方最新公布的信息为准。