南京历史上和现在拥有的大学数量如下：

民国时期

金陵大学

江南陆师学堂

国立音乐院

近现代

国立中央大学（后与金陵大学的文理学院合并成为南京大学）

金陵女子学院

晓庄师范（由陶行知创办）

陆军指挥学院（前身是黄埔军校）

当代

南京大学

东南大学

南京理工大学

南京农业大学

南京师范大学

南京航空航天大学

河海大学

中国药科大学

南京工业大学

南京邮电大学

南京审计大学

南京工程学院

南京信息工程大学

南京林业大学

南京中医药大学

南京医科大学

南京铁道职业技术学院

南京艺术学院

南京大学金陵学院

中国人民解放军陆军工程大学

东南大学成贤学院

南京航空航天大学金城学院

综合以上信息，南京在历史上和现在拥有的大学数量大致为 58所。