截至2024年，石河子市至少有三所大学，分别是：

石河子大学，主管部门是新疆生产建设兵团，办学层次为本科。

石河子大学科技学院，主管部门是新疆自治区教育厅，办学层次为本科，属于民办高校。

新疆石河子职业技术学院，主管部门是新疆生产建设兵团，办学层次为专科。

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