河海大学设有 20个学院，包括水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、信息学部（计算机与信息学院、物联网工程学院、人工智能学院）、力学与材料学院、地球科学与工程学院、农业科学与工程学院、机电工程学院、海洋学院、理学院、商学院等。此外，河海大学还有大禹学院、未来技术学院、卓越工程师学院等特色学院。