南航航空学院中，以下几个专业被认为是最好的：

飞行器设计与工程：

这是南航的王牌专业之一，享有很高的声誉。毕业生主要从事飞行器设计、研发、制造、测试等方面的工作，就业前景广阔。

电气工程及其自动化：

这个专业是南航的强项之一，毕业生在电力系统和自动化控制领域有着广阔的就业前景。

自动化科学与技术：

该专业关注人工智能、机器人等领域，为未来科技发展助力。

计算机科学与技术：

作为江西省一流学科，该专业在计算机软件开发、系统维护、网络安全等领域具有广泛的就业前景。

电子信息工程：

作为国家级特色专业，该专业在电子产品的研发、设计、测试等方面具有广泛的就业前景。

飞行器制造工程：

该专业在飞行器制造领域具有很好的就业前景。

工程力学：

该专业是南航的拳头专业，旨在培养具备创新精神和实践能力的高级工程技术人才。

材料科学与工程：

关注新材料的研发与应用，满足航空航天事业的发展需求。

交通运输：

培养方向包括民航机务、民航电子、空中交通管理签派和机场运行控制等，就业前景好。

软件工程：

注重培养学生的软件开发和项目管理能力，毕业生在软件开发、软件测试、软件项目管理等领域具有广泛的就业前景。

这些专业在国内和国际上享有盛誉，并且为航空航天事业培养了大量优秀人才。具体选择哪个专业，建议根据个人兴趣和职业规划来决定。