昆山杜克大学的收入主要来源于以下几个方面：

学费收入

昆山杜克大学的学费为每年17万元人民币，而国际生的学费为每年55000美元以上。由于中国各级政府对国际生学费进行了大量补贴，因此学费收入仍然可观。

政府补贴

昆山市政府与杜克大学达成协议，每年杜克大学的投入封顶五百万美元，剩余部分由昆山市政府负责。此外，中国学生每年17万元的学费中，有一半多的差额由中国各级政府补贴。

其他收入

虽然文档中没有详细列出其他收入来源，但可以推测，作为一所非营利性的中美合办高校，昆山杜克大学可能还会通过政府资助、社会捐赠、科研经费等多种渠道获得收入。

综合以上信息，昆山杜克大学的收入主要依赖于学费和政府补贴，整体营业收入超过30亿美元。