截至2024年，东南大学设有 36个院系。具体院系设置如下：

1. 建筑学院

2. 机械工程学院

3. 能源与环境学院

4. 信息科学与工程学院

5. 土木工程学院

6. 电子科学与工程学院

7. 数学系

8. 自动化学院

9. 计算机科学与工程学院

10. 物理系

11. 生物科学与医学工程学院

12. 材料科学与工程学院

13. 人文学院

14. 经济管理学院

15. 电气工程学院

16. 外国语学院

17. 体育系

18. 化学化工学院

19. 交通学院

20. 仪器科学与工程学院

21. 艺术学院

22. 法学院

23. 医学院

24. 公共卫生学院

25. 吴健雄学院

26. 软件学院

27. 苏州研究院

28. 集成电路（IC）学院

29. 继续教育学院

30. 海外教育学院

31. 成贤学院

32. 常州研究院

建议关注东南大学的官方网站或相关官方发布，以获取最新的院系设置信息。