截至2024年，京都大学共有 三个校区，分别是吉田、宇治和桂校区。

吉田校区：是校本部所在地，包含了人文科学各学部、工学部以及学校行政机构。

宇治校区：位于离校本部15公里外的宇治市，主要是一些理科研究机构。

桂校区：位于京都市的西京区，主要作为大部分工学研究生的教育基地。