南京工程学院的一些冷门专业包括：

复合材料与工程：

这个专业可能在全国范围内开设的院校较少，毕业生数量有限，但在特定领域内具有不可替代的地位。

地质工程：

同样，这个专业可能在全国范围内的院校中较为少见，但其专业性和针对性使其在特定领域具有重要价值。

建议：

如果你对特定领域的研究或应用有浓厚兴趣，并且愿意面对较少的就业竞争，这些冷门专业可能是一个不错的选择。

在选择专业时，建议综合考虑自己的兴趣、职业规划以及该专业的实际应用前景。