南通大学截至2022年设有 20个学院和1个独立学院（杏林学院）。具体学院包括文学院、理学院、商学院、外国语学院、化学化工学院、机械工程学院、电子信息学院、电气工程学院、计算机科学与技术学院、建筑工程学院、纺织服装学院、地理科学学院、教育科学学院、生命科学学院、体育科学学院、艺术学院、法政与管理学院、公共卫生学院、护理学院、医学院、国际教育学院、继续教育学院等。