南京拥有A类学科的大学至少包括以下几所：

南京大学：

南京大学有28个A类学科，包括数学、化学、生物学、天文学等。

东南大学：

东南大学有14个A类学科，包括材料科学与工程、信息与通信工程等。

南京航空航天大学：

南京航空航天大学有2个A类学科，包括航空宇航科学与技术。

南京理工大学：

南京理工大学有1个A类学科，即化学工程与技术。

南京农业大学：

南京农业大学有7个A类学科，包括植物科学、农业资源与环境、植物保护、农林经济等。

因此，南京至少有5所大学拥有A类学科。