南京市秦淮区拥有的高等学府包括：

1. 南京艺术学院

2. 南京中医药大学

3. 南京理工大学

4. 南京航空航天大学

5. 解放军理工大学

6. 江苏联合职业技术学院金陵分院

7. 南京医科大学

8. 淮阴工学院

因此，秦淮区至少拥有 13所大学。