南京市共有 51所大学，其中包括34所本科学校和17所专科学校。部分知名大学有：

南京大学

东南大学

南京航空航天大学

南京理工大学

南京工业大学

南京邮电大学

河海大学

南京林业大学

南京信息工程大学

南京农业大学

南京医科大学

南京中医药大学

中国药科大学

南京师范大学

南京财经大学

江苏警官学院

南京体育学院

南京艺术学院

南京工业职业技术大学。

这些大学在各自的领域有着较高的声誉和学术实力，并且多数是“985工程”、“211工程”和“双一流”建设高校。