熊本大学设有多个学院，提供丰富的本科和研究生专业。以下是熊本大学的部分专业设置：

本科专业

文学院：文学、历史学、综合人间学、信息情报学、小学校教员、中学校教员、特别支援学校教员、养护教论、地域共生社会、生涯运动福祉

法学院：法学

教育学院：学校教育、教科教育、公共政策学、现代社会人类学

医学院：医学

药学院：药学、创药、生命药科学、物质生命化学

理学院：理学、信息科学、生物学、化学、数学、比较文化研究

工学院：材料工学、机械系统工学、社会环境工学、建筑学、情报电器电子工学、书理工学

研究生专业

硕士课程：学校教育、教科教育、公共政策学、现代社会人类学、物质生命学、原材料工程

博士课程：物质生命学、原材料工程

这些专业涵盖了从人文科学到自然科学，从社会科学到医学等多个领域，为学生提供了广泛的学习和研究选择。