福州大学截至2024年5月设有 27个学院，包括1个独立学院和1个中外合作办学学院。这些学院涵盖了广泛的学科领域，如化学化工学院、生物科学与工程学院、材料科学与工程学院、环境与资源学院、机械工程及自动化学院、电气工程与自动化学院、数学与计算机科学学院、物理与信息工程学院、土木工程学院、建筑学院、管理学院、公共管理学院、外国语学院、人文社会科学学院、法学院、软件学院、紫金矿业学院、厦门工艺美术学院、八方物流学院、继续教育学院、海外教育学院、至诚学院、阳光学院等。

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