东京大学的经费主要来源于政府拨款、学费、研究收入等。根据最新的信息，东京大学在2024年的运营费拨款为926亿日元，并且学费已经有所上涨。如果按照2024年的平均汇率（1日元约等于0.065人民币）计算，那么东京大学一年的运营费用约为60.99亿人民币。

此外，东京大学通过与民间企业合作研究、提高学费等方式增加收入。例如，东京大学计划将学费从目前的每年535,800日元提高到642,960日元，涨幅达20%，这一举措预计将为学校带来额外的9亿日元的收入，这些资金将全部用于教育预算。

综合考虑以上信息，东京大学每年的经费远远超过100亿日元，并且随着学费上涨和其他收入增加，其经费规模还在不断扩大。具体的年度经费总额需要参考东京大学最新的财务报告和公开数据。