生物医学工程专业虽然具有广阔的应用前景和高度专业化，但也存在一些缺点，主要包括以下几点：

竞争激烈：

由于生物医学工程领域的快速发展，对人才的需求非常高，导致竞争非常激烈。学生需要具备较高的数学和物理知识，才能在学术和职业方面取得优势。

知识更新快：

生物医学工程领域的发展速度非常快，学生需要不断更新知识和技能，以适应行业的变化。这可能会增加学习压力和难度。

课程设计杂：

生物医学工程的课程设计比较多且杂，涉及电子工程、机械工程、软件工程等多个学科。这可能导致学生在本科阶段学习不够深入，难以专注于某一领域。

就业竞争压力大：

由于本科学得杂而不精，生物医学工程专业的学生在就业时面临较大的竞争压力。他们需要与纯计算机、电子、材料、核物理等领域的专业人才竞争，同时专业名称的模糊性也可能导致一些困惑。

综上所述，生物医学工程专业虽然前景广阔，但学生在选择和专业学习时需要充分考虑这些缺点，并做好充分的准备和规划。建议学生在本科阶段选择基础学科作为学习方向，并在研究生阶段深入研究某一领域，以提高自己的竞争力和就业前景。