南京农业大学最牛的专业主要包括以下几个：

农业资源与环境：

该专业在软科中国大学排行榜中位列全国第2名，入选世界知名高水平、中国顶尖专业行列。

农林经济管理：

该专业同样在软科中国大学排行榜中位列全国第3名，入选世界知名高水平、中国顶尖专业行列。

种子科学与工程：

该专业在软科中国大学排行榜中位列全国第1名，入选世界知名高水平、中国顶尖专业行列。

园艺：

该专业在软科中国大学排行榜中位列全国第2名，入选世界知名高水平、中国顶尖专业行列。

植物保护：

该专业在软科中国大学排行榜中位列全国第2名，入选世界知名高水平、中国顶尖专业行列。

动物医学：

该专业在软科中国大学排行榜中位列全国第3名，入选世界知名高水平、中国顶尖专业行列。

农学：

该专业在软科中国大学排行榜中位列全国第4名，入选世界知名高水平、中国顶尖专业行列。

这些专业在学科发展速度和整体实力上居于省属高校前列，毕业生就业竞争力和就业前景都非常不错。此外，南京农业大学的农学、植物保护、动物科学等专业也被视为国内顶尖的专业，毕业生在农业科研、技术推广、畜牧科研、技术推广、饲料研发等领域具有较强的竞争力。

综合考虑，南京农业大学在农业科学相关领域具有显著的优势，其多个专业在国内外享有高声誉和竞争力。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些王牌专业，以获得更好的学术发展和职业前景。