南京有多所大学进行了名称更改，具体数量至少包括以下几所：

南京审计学院改为 南京审计大学。

南京师范学院改为 南京师范大学。

南京农学院改为 南京农业大学。

南京林学院改为 南京林业大学。

南京医学院改名为 南京医科大学。

华东水利学院改名为 河海大学。

南京药学院改名为 中国药科大学。

东南大学，原名南京工学院。

南京理工大学，原名为华东工学院。

解放军理工大学，原名为解放军工程兵工程学院。

解放军国际关系学院，原名为解放军第二外语学院。

南京财经大学，原名为南京经济管理干部学院。

南京信息工程大学，前身南京气象学院。

金陵科技学院，拟更名为“南京软件科技大学”。

南京航空航天大学江北国际校区，正式更名为“南京航空航天大学扬子江校区”。

这些高校的名称更改反映了各自的发展历程和目标定位的提升。建议关注各个高校官方网站以获取最新信息。