东南大学是一所具有多个学科的综合性研究型大学。截至2024年，东南大学设有 36个院系和 90个本科专业。此外，东南大学拥有41个博士学位一级学科授权点、52个硕士学位一级学科授权点，以及10个博士专业学位授权点类别和30个硕士专业学位授权点类别。

东南大学的学科涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学、艺术学、历史学等多个领域。学校有12个学科入选国家“双一流”建设学科名单，并列全国第八位；15个学科进入ESI世界前百分之一，其中工程学位居全球第14位，计算机科学新晋ESI世界前万分之一，位居全球第7位，材料科学和化学位居ESI世界前千分之一行列。