高一选科时设置第二志愿的原因主要有以下几点：

提供更多的选择和机会

考生在选科时，如果只选择第一志愿，可能会因为竞争激烈而无法被录取。设置第二志愿可以给考生提供备选方案，增加被录取的可能性。

增加录取的灵活性

在某些省份的志愿填报系统中，第一志愿和第二志愿之间可能存在专业志愿组的对应关系，这意味着第二志愿的学校和专业可能更加符合考生的兴趣和职业规划。

降低志愿风险

通过设置第二志愿，考生可以更加稳妥地填报志愿，避免因为第一志愿的失误而错失录取机会。

满足个性化需求

不同考生有不同的兴趣和优势，第二志愿可以让考生有机会选择更适合自己的学校和专业，从而实现个性化的学业和职业发展。

综上所述，高一选科设置第二志愿是为了给考生提供更多的选择和机会，增加录取的灵活性，降低志愿风险，并满足个性化的需求。建议考生在选科时认真考虑自己的兴趣和职业规划，合理设置第一和第二志愿，以增加被理想学校录取的机会。