清朝末年创办的大学包括：

上海交通大学：

其前身是1896年创建的南洋公学，是中国历史最悠久的高等学府之一。

北京大学：

创建于1898年，是中国近代第一所国立大学，初名京师大学堂。

武汉大学：

可以追溯到1893年湖广总督张之洞请清政府创办的自强学堂，1913年由国民政府建立国立武昌高等师范学校，1928年定名为国立武汉大学。

北洋大学堂：

1895年创立，是天津大学的前身，标志着中国近代教育的新篇章。

因此，清朝末年至少创办了 四所大学。