截至2024年，哈尔滨工程大学设有以下系（学院）：

1. 船舶工程学院

2. 航天与建筑工程学院

3. 动力与能源工程学院

4. 自动化学院

5. 水声工程学院

6. 计算机科学与技术学院

7. 机电工程学院

8. 信息与通信工程学院

9. 经济管理学院

10. 材料科学与工程学院

11. 理学院

12. 外语系

13. 人文社会科学学院

14. 国际合作与教育学院

15. 核学院

16. 国防教育学院

建议关注哈尔滨工程大学官方网站或最新公布的信息，以获取最准确的系（学院）设置情况。