南通大学至少经历了两次拆分：

南通纺织科与上海工专、诚孚纺专等专科学校合并

1951年，南通纺织科与上海工专、诚孚纺专等专科学校合并，组成华东纺织学院。

南通医学院拆分

1952年院系调整时，南通纺织科全科师生及学校所有设备、仪器、图书等全部迁往上海，并入华东纺织学院。同时，南通医学院也进行了拆分，一部分去了苏州，成了苏州医学院，另一部分留守南通，仍叫南通医学院。

南通大学合并组建

2004年，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三校合并组建新的南通大学。

因此，南通大学至少经历了两次拆分，一次是与其他学校合并组建新的学校，另一次是内部的院系调整导致部分学院拆分。