高考选择日语作为外语科目的考生在报考专业时会面临一些限制，具体不能选的专业主要包括以下几类：

军事、国防和公共安全等特殊专业 ：这些专业对统考外语语种有限制，日语考生不能报考此类特殊专业。根据教育部发布的相关规定，除军事、国防和公共安全等部分特殊院校（专业）外，高校不得对报考非外国语言文学类专业的考生作统考外语语种限制。

其他语言类专业（除日语外）：

部分学校的外语专业对日语有限制，日语考生不能报除日语以外的其他语言类专业。例如，山东师范大学2020年的《招生简章》规定，英语（公费师范生）、外国语言文学类（英语）只招收英语语种考生，其余各专业（类）不限制外语语种。

与英语相关性强的专业

英语类专业：

如英语教师、英语教学管理、对外金融贸易等，这些专业通常需要英语基础。

传媒、国际关系、外交类专业：如广播电视编导、新闻学（国际新闻方向）、国际关系、外交学等，这些专业通常涉及国际交流、文化传播等领域，需要考生具备良好的英语沟通能力。

部分医学、法学专业：如临床医学（涉外方向）、法学（国际法方向）等，这些专业涉及大量的专业术语和国际交流，通常需要考生具备较高的英语水平。

部分院校的中外合作办学类专业：

极少数情况只招收英语考生，大部分虽不做要求，但招生简章中会提醒小语种考生谨慎报考。

计算机专业、软件专业、翻译专业、对外经贸专业等：

这些专业可能与英语有更紧密的联系，日语考生报考时需谨慎。

综上所述，高考选择日语作为外语科目的考生在报考专业时，主要不能选择军事、国防和公共安全等特殊专业，以及其他语言类专业（除日语外）。此外，与英语相关性强的专业和部分中外合作办学类专业也可能对日语考生设有限制。因此，建议考生在报考前仔细查阅所填报高校的《招生章程》，了解相关专业的具体限制要求。