清华大学食堂的层数如下：

观畴园食堂：

观畴园食堂原名清华大学饮食广场，由清华大学三、四、五、六、清真食堂拆建而成，总面积达41600平米，规模巨大。它共分为 三层，可同时容纳3000人用餐。

紫荆园食堂：

紫荆园食堂坐落于清华大学东北角，紫荆学生公寓区内。食堂共分为 五层（含地下一层），建筑面积11671平方米，可容纳3538人同时就餐。

桃李园食堂：

桃李园食堂的具体层数没有详细说明，但它是对外开放的食堂之一。

芝兰园食堂：

芝兰园食堂分为 一层，是对外开放的食堂之一。

闻馨园食堂：

闻馨园食堂分为 二层，是对外开放的食堂之一。

清青永和食堂：

清青永和食堂的具体层数没有详细说明，但它是对外开放的食堂之一。

其他食堂：

其他一些食堂如合办的餐厅和西餐厅等，层数不详。

综上所述，清华大学食堂中，观畴园食堂和紫荆园食堂是多层建筑，分别有3层和5层（含地下一层）。其他食堂的层数信息不详，但大多数为单层或少数几层。