深圳大学（本部）设有 25个职能部门，包括党政办公室、党委组织部、统战部、党委宣传部、纪检（监察）室、工会、共青团委员会、教务部、研究生院、发展规划部、社会科学部、科学技术部、学生部、武装部、国际交流与合作部、人力资源部、计划财务部、实验室与国有资产管理部、审计室、后勤保障部、安全保卫部、离退休办公室、校友联络部、机关党委和丽湖校区管理办公室。这些部门构成了深圳大学的行政架构，负责学校的日常运作和管理。