南京中医药大学最好的专业包括：

中医学：

在第四轮学科评估中，中医学被评为A-，是南京中医药大学最强的优势专业。

中药学：

中药学同样在第四轮学科评估中被评为A-，并且是国家级特色专业。

中西医结合：

中西医结合专业在第四轮学科评估中被评为A-，是南京中医药大学的王牌专业之一。

护理学：

护理学是省级特色专业，并在第四轮学科评估中表现优异。

针灸推拿学：

针灸推拿学专业在教育部全国第四轮学科评估中表现出色，并且有较高的推荐就读指数。

此外， 中西医临床医学和 药学也是南京中医药大学的优势专业，具有较好的学科实力和就业前景。

综合考虑，如果希望在医学领域发展，特别是中医和中药方向，中医学、中药学和针灸推拿学是最佳选择。如果希望在西医方向发展，中西医临床医学也是一个值得考虑的专业。护理学和药学则适合对护理和药学感兴趣的学生。