控制科学与工程专硕的招生院校数量较多，以下是一些主要的大学：

1. 清华大学

2. 哈尔滨工业大学

3. 浙江大学

4. 北京航空航天大学

5. 北京理工大学

6. 东北大学

7. 上海交通大学

8. 国防科技大学

9. 东南大学

10. 山东大学

11. 华中科技大学

12. 中南大学

13. 西安交通大学

14. 天津大学

15. 大连理工大学

16. 同济大学

17. 中国科学技术大学

18. 华南理工大学

19. 西北工业大学

20. 南开大学

21. 吉林大学

22. 湖南大学

23. 重庆大学

24. 电子科技大学

25. 武汉大学

26. 厦门大学

27. 中山大学

28. 四川大学

29. 中国海洋大学

30. 南京大学

31. 西南交通大学

32. 北京交通大学

33. 石家庄铁道大学

34. 兰州交通大学

35. 大连交通大学

36. 华东交通大学

37. 常熟理工学院

38. 南京工程学院

39. 南京晓庄学院

40. 江苏理工学院

41. 淮阴师范学院

42. 上海海事大学

43. 安徽大学（滁州方向）

44. 南京信息工程大学

45. 黑龙江大学

46. 河海大学

这些大学在控制科学与工程专硕的招生中都有各自的优势和特色，建议根据自己的兴趣和职业规划，综合考虑各大学的师资力量、研究方向、实验条件等因素，选择最适合自己的学校。