烟台大学应届毕业生小陈与一家企业签订的就业协议书中规定，毕业生如有违约，需缴纳违约金 2000元。因此，按照这份协议，小陈需要缴纳的违约金为2000元。

违约金的数额通常是根据双方签订合同时的约定来确定的，并且最高限额不能超过对方的实际损失数额。如果实际造成的损失高于约定的违约金，那么当事人可以请求人民法院或者仲裁机构适当予以增加，但增加的幅度也不能超过30%。