亦庄地区至少拥有两所大学，分别是：

北京电子科技职业学院（亦庄校区），这是一所公办高等职业院校，位于北京市大兴区凉水河一街9号，是北京职教园区所在地，也是北京经济技术开发区内唯一一所高等院校。

北京兴华大学，这是一所民办高校，地址在北京市大兴区凉水河一街20号，是北京市成立最早的民办非学历院校之一。

此外，亦庄地区还有北京开放大学亦庄分校等合作办学单位和其他教育机构。