伊犁师范大学的王牌专业包括：

法学

汉语言文学

数学与应用数学

小学教育

应用物理学

化学

学前教育

生物科学

中国少数民族语言文学（哈萨克语言）

思想政治教育

这些专业被教育部评为国家一流本科专业，是伊犁师范大学最强的优势专业，也是就业前景较好的专业。